一、 将第一条修改为：“为了推进生态文明建设，深入贯彻习近平生态文明思想，改善公众福祉，建设美丽厦门，遵循有关法律、行政法规的基本原则，结合本经济特区实际，制定本条例。”

二、 将第二十二条第三款修改为：“禁止在海洋和江河、湖泊、水库、渠道等水体进行洗砂排污，以及排放、倾倒、填埋垃圾和其他废弃物、污染物、有毒有害物质等活动。”

三、 将第二十四条第二款修改为：“珍稀物种繁殖地内设立临时性禁入区，禁止在区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖砂及其他危及珍稀物种繁殖的行为；但是，法律、行政法规另有规定的除外。”

四、 将第二十八条第三款修改为：“开展排污权交易，建立主要污染物排污权有偿使用制度。”

五、 将第三十三条第一款的“在同安区、翔安区划定禁养区和限养区”修改为“在同安区、翔安区依法划定禁养区和限养区”。

六、 将第五十二条中的“自然生态资源确权登记”修改为“自然资源确权登记”。

七、 将第六十二条中的“海洋行政主管部门”修改为“生态环境主管部门”。

八、 将第六十六条修改为：“违反本条例第二十四条第二款，单位和个人在临时性禁入区进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖砂及其他人为干扰活动的，除可以依照有关法律、行政法规规定给予处罚的以外，按照职责分工由林业行政主管部门、自然资源和规划主管部门、城市管理行政执法部门责令停止违法行为，没收违法所得，限期恢复原状或者采取其他补救措施，并处一千元以上一万元以下的罚款。”

九、 增加一条，作为第七十条：“法律、行政法规对不利于生态文明建设有关行为作出其他禁止性或者限制性规定的，从其规定。
违反本条例规定的行为，法律、行政法规已有法律责任规定的，从其规定。”
本决定自公布之日起施行。
《厦门经济特区生态文明建设条例》根据本决定和《厦门市机构改革方案》涉及部门名称变化作相应修改并对条文顺序作相应调整，重新公布。